Годзилла, Мотра, Мехагодзилла: Спасите Токио

Прошел год после разрушительной битвы гигантского ящера с его механическим двойником, когда Япония получает новое ультимативное предупреждение. Неизвестный посланник требует вернуть океану все останки чудовища, включая кости, ткани и молекулы ДНК, иначе новая волна разрушений накроет страну. Ученые пытаются скрыть масштабы экспериментов с найденным материалом, а военные не спешат отказываться от стратегического ресурса.

Источник предупреждения вскоре раскрывается: перед людьми выступает древний страж природы, огромный крылатый монстр, считающий ящера своим извечным врагом. Он заявляет, что любые манипуляции с ДНК нарушают природный баланс и пробуждают не только первобытного титана, но и другие силы. Тем временем из глубин моря выходит чудовище, реагирующее на вмешательство людей, а над городом поднимается модернизированный боевой робот, созданный как последняя линия обороны. Битва за Токио превращается в трехстороннее противостояние, где людям предстоит решить, кого поддержать и какую цену заплатить за выживание.